O Colégio Agostiniano Mendel foi construído na área ocupada pelo Centro Agostiniano, que estava dedicado a atividades de cunho religioso: Cursilhos de Cristandade, OVISA, encontro de jovens, além de outras atividades pastorais. Essas atividades eram desenvolvidas apenas nos fins-de-semana, ficando suas instalações, na maior parte do tempo, ociosas; mesmo sofrendo algumas reformas, ainda assim se mantinham extremamente precárias.
A idéia de um melhor aproveitamento da extensa área ocupada pelo Centro Agostiniano foi ganhando terreno e, na reunião da Assembléia em 30 de abril de 1979 "era aprovada a construção do Colégio Agostiniano Mendel". Finalmente, no plenário da Assembléia Geral de 30 de dezembro de 1982, foi decidido que este centro de ensino funcionaria com Pré-Escola e 2º Grau. Quanto ao nome, foram apresentadas várias sugestões, dentre as quais foi escolhido o de Colégio Agostiniano Mendel, por celebrar-se naquele ano o centenário de Johann Gregor Mendel, religioso agostiniano, considerado o pai da genética e descobridor das leis da hereditariedade, conhecidas como "Leis de Mendel". Numa área de 5.574 m², foi iniciada a obra em 1981 e inaugurada em 3 de fevereiro de 1984. No dia 6 de fevereiro, o Colégio iniciou o primeiro ano letivo com 800 alunos.
Em 1994, após 10 anos de existência, tendo adquirido fama e prestígio pela qualidade de ensino e excelência na formação dos seus alunos, o Colégio Agostiniano Mendel ampliou suas instalações com um prédio moderno e funcional, exclusivo para o 2º Grau.
Hoje, o Colégio Agostiniano Mendel conta com cerca de 3000 alunos de Educação Infantil, Ensino Fundamental e Ensino Médio, destacando-se como um dos melhores colégios do Estado de São Paulo.
